Analiza e Sistemit të Drejtësisë konstatoi se sistemi ynë i drejtësisë jo vetëm që kishte dështuar të luftonte fenomenin e korrupsionit në shoqëri, por ishte edhe vetë i korruptuar. Analiza evidentoi shkaqet e kësaj gjendjeje si më poshtë:
• Ndarja e detyrave midis institucioneve të drejtësisë penale që duhet të luftonin korrupsionin (policia, prokuroria dhe gjykatat) ishte e paqartë. Kishte përplasje kompetencash dhe koordinim të pamjaftueshëm të punës midis këtyre institucioneve;
• Prokurorët që hetonin korrupsionin nuk ishin të pavarur nga eprorët e tyre të cilët (eprorët) shpesh kishin lidhje të drejtpërdrejta me politikën dhe biznesin e madh;
• Nuk kishte një sistem për kontrollin e integritetit të vetë prokurorëve dhe policëve që hetonin korrupsionin;
• Cilësia e bashkëpunimit midis prokurorisë dhe institucioneve të tjera (sidomos policisë) në hetimin e korrupsionit ishte e dobët;
• Teknikat e përdorura për hetimin e korrupsionit ishin të dobëta;
• Burimet njerëzore dhe financiare në dispozicion të hetimit të korrupsionit ishin të pakta.